GPS Lenovo A789

Это потому что в этой прошивке абсолютно пустой файл gps.conf . Следовательно настроек A-GPS нет никаких, а холодного старта вы просто не дождались.
Установите FasterGPS http://4pda.ru/forum/index.php?showtopic=324693 (нужен root) запустите и он пропишет нужные параметры в gps.config

В модифицированной прошивке от APKHOT отсутствует или пустой файл gps.conf
Вот выкладываю свой исправленный файл для Украины, может кому нужно.
http://files.china-iphone.ru/659gps.conf
Файл нужно поместить в папку etc или заменить там уже имеющийся.